Etnomusicòleg al CSIC
Després de la guerra, el 1945, Joan Tomàs va reprendre la tasca de recollir cançons a través de l’Institut Espanyol de Musicologia del Consell Superior d’Investigacions Científiques, on es va fer càrrec dels treballs de la Secció de Folklore Musical succeint Francesc Pujol.
Va fer missions per Cuenca, León, Burgos, Soria, Saragossa, Ávila… entre altres, on va recollir un miler de melodies.
A la revista Anuario Musical es van publicar diversos estudis de Joan Tomàs: «Instrumentos de música popular española» amb el Pare Donostia, «Las variantes en la canción popular», «L’hereu Mill, arxiu vivent de cançons populars catalanes», «Canciones Populares de trabajo»…
De les investigacions musicològiques que realitzava a les missions, Joan Tomàs en va fer algunes conferències, com ara: “El Compás de Cinco en la Canción Popular Española“, “Las canciones populares de la provincia de Cuenca”, “Música popular española de la provincia de León”, entre altres.
Des d’aquesta institució, també va treballar en l’edició del primer grau del “Cancionero escolar español: colección de cantos tradicionales”, juntament amb en Josep Romeu Figueras, i en algunes edicions del “Cancionero Popular Español”, com la de la província de Madrid, la de Cuenca i la de La Rioja.
Joan Tomàs va ser professor dels estudis de Musicologia al CSIC durant més de deu anys, el seu deixeble Josep Crivillé i Bargalló així ho va deixar escrit:
“Vaig tenir el gran goig de conèixer el mestre Tomàs. Els darrers anys de la seva vida coincidiren amb els dels meus estudis musicals i els primers dels meus estudis de musicologia en el CSIC; abans, però, havia estat al seu costat com a noi cantaire de l’Orfeó Català. No seria del tot franc si deixés de dir que per aquell temps les seves composicions i la música tradicional per ell arranjada i harmonitzada, feta amb tota la bonhomia, m’encomanaven serenor i avinença sota el gest fàcil de la seva direcció. L’altre contagi encomanadís d’ell va ser en la meva segona època d’estudis, a través de les converses sobre els treballs de camp, els materials folklòrics… Amb aquella veritable humilitat que feia que t’expliqués les seves activitats amb tots els pros i contres, em va fer interessar vers l’estudi i la recerca del folklore musical.”